各工程から排出される残渣は、無害化・安定化処理された後、最終処分場で埋め立て処分される。放置すると悪臭が発生したり、ネズミ・ハエ・ゴキブリといった病原害虫・害獣の発生源、あるいは野良猫・野良犬・カラスなどの誘引源となるため、適切な回収と処理が求められる。この生ごみ食害に関しては、都市部でのごみ排出ルールがしばしば守られなかったり、あるいは住人らが食料が豊富で手に入り易いために残飯が出易いといった事情から、可食部を多く残す生ごみが排出される傾向もあって、ごみ集積場近隣住人の感情を害する状態に発展するケースや、あるいは住民間の諍いの原因になることもある。ただし生ごみを脱水してその容積を減らすための生ごみ処理機も登場しており、ごみの減量化が期待される。廃熱を用いて、温水供給や発電を行っているところもある。